במדינת ישראל פועלת מערכת משפט צבאי הנפרדת ממערכת המשפט האזרחי. היא מבוססת על חוק השיפוט הצבאי, התשכ"ט-1955. חוק השיפוט הצבאי חל על כלל המשרתים בצבא, לרבות על חיילים בשירות חובה, חיילים בקבע, חיילים המשרתים במילואים, אזרחים עובדי צה"ל וגם על המיועדים לשירות שהשתמטו ממנו.

​

תחום המשפט הצבאי מתחלק לשני תחומים עיקריים-

תחום המשפט הפלילי ותחום הדין המשמעתי.

חוק השיפוט הצבאי מעניק סמכויות לבתי הדין הצבאיים שתפקידם לדון בעבירות פליליות ובעבירות נוספות, החוק מקנה סמכויות שיפוט גם לקציני שיפוט בדרגת סגן ומעלה. קצין שיפוט חייב לקבל הסמכה מהפרקליט הצבאי הראשי או מקצין אחר בעל סמכות רלוונטית שהפרקליט הצבאי הראשי העניק לו סמכות לכך.

​

לנאשם יש זכויות רבות במסגרת ההליך הפלילי בבית הדין הצבאי, בדומה להליך הפלילי בפני בית משפט באזרחות. בראש ובראשונה, לנאשם עומדת החזקה כי הינו חף מפשע, עד שיוכח אחרת. החובה להוכיח כי הנאשם אשם בעבירה בה הואשם במסגרת כתב האישום, היא של התביעה הצבאית. לשם כך, התביעה הצבאית תביא עדים מטעמה אשר יעידו נגד הנאשם. עדים אלו ייחקרו על דוכן העדים על ידי הסנגור של הנאשם, במטרה להפריך את עדויותיהם בחלקן או במלואן.